Xử lý Thuế GTGT được khấu trừ trong Quyết toán dự án theo Nghị định 193/2026/NĐ-CP: Hướng dẫn chi tiết từ Bộ Tài chính
1. Nội dung hỏi đáp chính thức từ Bộ Tài chính
Dưới đây là nguyên văn tình huống vướng mắc của doanh nghiệp và phần phúc đáp chính thức từ Cổng thông tin điện tử Bộ Tài chính:
CHI TIẾT HỎI ĐÁP
Hỏi:
Theo điều 4, Nghị định 193/2026/NĐ-CP quy định về quyết toán vốn đầu tư dự án thì: Vốn đầu tư được quyết toán là toàn bộ chi phí hợp pháp đã thực hiện (bao gồm cả các chi phí thanh toán hợp đồng bảo hiểm, phí, lệ phí, chi phí thẩm tra, phê duyệt quyết toán) trong quá trình đầu tư để đưa dự án vào khai thác, sử dụng hoặc dừng thực hiện theo văn bản cho phép dừng thực hiện của người có thẩm quyền quyết định đầu tư. Chi phí đầu tư được quyết toán phải nằm trong giới hạn tổng mức đầu tư được duyệt hoặc được điều chỉnh, bổ sung theo quy định của pháp luật.
Mặt khác theo điểm d khoản 2 điều 12 của Nghị định 206/2026/NĐ-CP Chi phí xây dựng công trình có bao gồm Thuế giá trị gia tăng.
Ngoài ra theo khoản 2, điều 26 của nghị định này cũng nêu rõ Chi phí tư vấn xây dựng có bao gồm thuế giá trị gia tăng.
Theo Thông tư 99/2025/TT-BTC và Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, nếu doanh nghiệp nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, phần thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện khấu trừ hoặc được hoàn sẽ không được tính vào chi phí đầu tư để hình thành nguyên giá tài sản.
Theo Điều 15. Thẩm tra chi phí đầu tư không tính vào giá trị tài sản, nghị định 193/2026/NĐ-CP thì không có nội dung liên quan đến thuế GTGT được khấu trừ.
Vậy phần thuế giá trị gia tăng được khấu trừ sẽ được thể hiện như thế nào theo mẫu 01/QTDA 15/08/2026
15/08/2026Trả lời:
1. Theo Điều 4, Nghị định số 193/2026/NĐ-CP quy định về quyết toán vốn đầu tư dự án thì: “Vốn đầu tư được quyết toán là toàn bộ chi phí hợp pháp đã thực hiện (bao gồm cả các chi phí thanh toán hợp đồng bảo hiểm, phí, lệ phí, chi phí thẩm tra, phê duyệt quyết toán) trong quá trình đầu tư để đưa dự án vào khai thác, sử dụng hoặc dừng thực hiện theo văn bản cho phép dừng thực hiện của người có thẩm quyền quyết định đầu tư. Chi phí đầu tư được quyết toán phải nằm trong giới hạn tổng mức đầu tư được duyệt hoặc được điều chỉnh, bổ sung theo quy định của pháp luật.”
2. Theo quy định tại Khoản 2 Điều 3 Nghị định số 193/2026/NĐ-CP: “Chi phí hợp pháp là toàn bộ các khoản chi phí đã thực hiện trong phạm vi dự án, dự toán được duyệt và hợp đồng đã ký kết phù hợp với quy định của pháp luật (đối với những công việc thực hiện theo hợp đồng) kể cả phần điều chỉnh, bổ sung được duyệt theo quy định và đúng thẩm quyền.”
3. Căn cứ khoản 2 Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 ngày 14/6/2025 về các khoản chi được trừ và không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế để xác định số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ mà cơ sở kinh doanh được tính vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp và điểm đ, điểm e Điều 14 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 quy định về khấu trừ thuế GTGT đầu vào; về nguyên tắc, số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, cơ sở kinh doanh được tính vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định.
Do đó, nếu khoản thuế GTGT đã được nhà nước hoàn lại bằng tiền hoặc khấu trừ qua thuế GTGT đầu ra thì không được tính vào giá trị tài sản cố định, chi phí đầu tư hay chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập.
Theo các quy định trên, doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, khoản thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện khấu trừ hoặc được hoàn không thuộc chi phí vốn đầu tư được quyết toán của dự án theo quy định tại Nghị định số 193/2026/NĐ-CP.
Tại biểu mẫu số 01/QTDA ban hành kèm theo Nghị định số 193/2026/NĐ-CP không quy định chỉ tiêu riêng để phản ánh số thuế GTGT được khấu trừ. Vì vậy, khi lập báo cáo quyết toán, chủ đầu tư xác định giá trị vốn đầu tư đề nghị quyết toán theo quy định của Nghị định số 193/2026/NĐ-CP; trong đó vốn đầu tư được quyết toán không bao gồm chi phí phần thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện khấu trừ hoặc được hoàn theo quy định của pháp luật về thuế.
Đề nghị Quý độc giả căn cứ quy định nêu trên để thực hiện.
Nguồn: www.mof.gov.vn
2. Phân tích chuyên sâu từ Chuyên gia Kiểm toán Xây dựng
Đánh giá căn cứ pháp lý & Nguyên tắc cốt lõi
Phúc đáp của Bộ Tài chính đã viện dẫn một hệ thống hành lang pháp lý đồng bộ, bao gồm pháp luật về Quản lý chi phí, Thuế và Quyết toán vốn đầu tư công. Nguyên tắc tối thượng được khẳng định ở đây là Nguyên tắc chống ghi nhận trùng lặp chi phí.
Theo Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 và Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15, bản chất của thuế GTGT đầu vào (nếu đủ điều kiện khấu trừ) là một khoản tiền sẽ được Nhà nước “trả lại” cho doanh nghiệp thông qua việc bù trừ với thuế GTGT đầu ra hoặc hoàn thuế. Do đó, khoản này không phải là chi phí thực tế tiêu hao của Chủ đầu tư và tuyệt đối không được cấu thành vào nguyên giá Tài sản cố định (TSCĐ).
Tại sao Chủ đầu tư và Nhà thầu thường lúng túng?
Sự mâu thuẫn dẫn đến vướng mắc của doanh nghiệp xuất phát từ độ “vênh” giữa quy định lập dự toán và quy định lập báo cáo quyết toán:
-
Theo pháp luật về Quản lý chi phí đầu tư xây dựng (Nghị định 206/2026/NĐ-CP), Tổng mức đầu tư, Dự toán, và Giá trị Hợp đồng luôn bao gồm thuế GTGT (thường là 8% hoặc 10%). Hồ sơ thanh toán giai đoạn (khối lượng hoàn thành) cũng ghi nhận bao gồm thuế.
-
Tuy nhiên, khi bước vào giai đoạn quyết toán vốn đầu tư dự án theo Nghị định 193/2026/NĐ-CP, Biểu mẫu số 01/QTDA (Báo cáo tổng hợp quyết toán vốn đầu tư dự án hoàn thành) lại không thiết kế một dòng riêng biệt (chỉ tiêu riêng) để loại trừ đi phần thuế GTGT được khấu trừ này.
-
Điều này khiến kế toán dự án và cán bộ quản lý hợp đồng lúng túng: Nếu điền số liệu đã bao gồm thuế thì sai nguyên tắc hình thành nguyên giá, nhưng nếu tự trừ đi thì số liệu lại không khớp với Tổng mức đầu tư và các Hợp đồng đã ký kết.
Rủi ro pháp lý & Rủi ro xuất toán
Dưới góc nhìn của một kiểm toán viên xây dựng, nếu Chủ đầu tư cố tình hoặc vô ý đẩy toàn bộ chi phí (bao gồm cả phần thuế GTGT đủ điều kiện khấu trừ) vào Giá trị vốn đầu tư đề nghị quyết toán, rủi ro xảy ra là rất lớn:
-
Xuất toán 100% phần chênh lệch: Khi cơ quan Kiểm toán Nhà nước, Cơ quan thẩm tra quyết toán hoặc các đơn vị Kiểm toán độc lập vào cuộc, phần thuế này chắc chắn sẽ bị bóc tách và xuất toán ngay lập tức.
-
Hệ lụy về Thuế TNDN: Việc tính sai nguyên giá TSCĐ sẽ dẫn đến việc trích khấu hao sai (trích khấu hao cao hơn mức quy định), làm giảm lợi nhuận chịu thuế. Cơ quan thuế sẽ phạt vi phạm hành chính và truy thu thuế TNDN.
3. Lưu ý và Hướng dẫn thực tiễn khi lập hồ sơ quyết toán
Để đảm bảo hồ sơ vượt qua các vòng thẩm tra, kiểm toán một cách trơn tru, Chủ đầu tư và Ban quản lý dự án cần áp dụng thủ thuật xử lý số liệu trên Mẫu 01/QTDA như sau:
-
Chủ động bóc tách trước khi lên báo cáo: Do Mẫu 01/QTDA không có chỉ tiêu giảm trừ, người lập báo cáo phải tự động bóc tách và loại bỏ phần thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện khấu trừ ra khỏi các khoản mục chi phí (Xây lắp, Thiết bị, Tư vấn, Khác…).
-
Giá trị ghi nhận là “Giá trị trước thuế”: Số liệu điền vào cột Giá trị đề nghị quyết toán trên Mẫu 01/QTDA chỉ là giá trị thuần (chưa bao gồm phần thuế GTGT được khấu trừ).
-
Bắt buộc lập Bảng thuyết minh dòng tiền: Kế toán cần đính kèm một phụ lục hoặc bảng giải trình chi tiết ngoài báo cáo, minh họa rõ công thức:
Giá trị Hợp đồng/Thanh toán (Có VAT) - Thuế GTGT được khấu trừ = Giá trị đề nghị quyết toán. Điều này giúp cơ quan thẩm tra và kiểm toán viên dễ dàng truy xuất nguồn gốc số liệu, tránh các giải trình phức tạp, kéo dài thời gian phê duyệt dự án.
4. Tải về tài liệu liên quan
Để nghiên cứu sâu hơn và áp dụng đúng đắn vào công tác quản lý chi phí, quý độc giả có thể tải các văn bản pháp quy liên quan tại đây:
-
Nghị định 193/2026/NĐ-CP quy định về quyết toán vốn đầu tư dự án;
-
Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15
ĐỒNG HÀNH CÙNG DOANH NGHIỆP TRONG QUẢN LÝ VÀ QUYẾT TOÁN DỰ ÁN
Các vướng mắc trong việc ghi nhận chi phí, xử lý thuế và khớp số liệu quyết toán luôn tiềm ẩn rủi ro xuất toán và vi phạm pháp luật nếu không được hoạch định, kiểm soát chuẩn xác ngay từ giai đoạn triển khai hợp đồng.
Nếu tổ chức, doanh nghiệp hoặc Ban quản lý dự án của bạn đang cần một giải pháp toàn diện để tháo gỡ điểm nghẽn, hãy liên hệ ngay với PHAN ANH FIRM – Đơn vị chủ quản của nền tảng kiemtoanxaydung.vn. Chúng tôi cung cấp dịch vụ chuyên gia hàng đầu trong các lĩnh vực:
-
Tư vấn Quản lý dự án & Quản lý chi phí đầu tư xây dựng.
-
Tư vấn Kiểm toán độc lập chuyên ngành xây dựng.
-
Gỡ vướng và lập Hồ sơ Quyết toán vốn đầu tư dự án.
Với kinh nghiệm thực chiến dày dặn, chúng tôi cam kết bảo vệ tối đa quyền lợi hợp pháp của Chủ đầu tư và Nhà thầu trước các rào cản pháp lý phức tạp.
TRUNG TÂM ĐÀO TẠO & TƯ VẤN QUYẾT TOÁN VỐN ĐẦU TƯ PHAN ANH FIRM
- [VP MIỀN NAM] Số 50 Cửu Long, P. Tân Sơn Hòa, TP. Hồ Chí Minh
- [VP MIỀN TRUNG] Số 35 Nguyễn Thị Minh Khai, P. Cam Ranh, Tỉnh Khánh Hòa
- ✉️ sotaykiemtoanxaydung@gmail.com / tuvanphananh@gmail.com
- 📞 Phone/Zalo: 0775.775.266
- Fanpage: SỔ TAY KIỂM TOÁN XÂY DỰNG
- Fanpage: TRUNG TÂM ĐÀO TẠO & TƯ VẤN QUYẾT TOÁN VỐN ĐẦU TƯ
- Nhóm FB: SỔ TAY KIỂM TOÁN XÂY DỰNG
- Nhóm FB: KINH TẾ XÃ
- Nhóm ZALO: QUYẾT TOÁN VỐN ĐẦU TƯ 01
- Nhóm ZALO: QUYẾT TOÁN VỐN ĐẦU TƯ 02
- Nhóm ZALO: LUẬT ĐẤU THẦU 2023
- Nhóm ZALO: LUẬT ĐẦU TƯ CÔNG 2024
- Trưởng Ban biên tập Diễn đàn KIỂM TOÁN XÂY DỰNG:
- Ông Phan Việt Hiếu – 📞 Hotline/Zalo: 098765.6161
